Laan van Kronenburg

dan perdjoeangan masih panjang

Secangkir air putih dan “puisi” hari ini …

Untuk menghitung luas permukaan protein yang dapat diakses oleh air, diperlukan suatu software yang ndak ada di lab.
Untunglah, di salah satu tempat di muka bumi ada yang mengembangkan software tersebut namanya POPs.
Sayangnya, software tersebut “riwil” alias butuh input file dengan format yang baku. Padahal output hasil simulasi dengan amber tidak mempunyai format yang baku.
Untungnya, lab punya software yang bisa mengubah ke format yang baku, namanya MOE.
Sayangnya DosGil biasa pakai GUI-nya. Terpaksa belajar svl script.
Untungnya, ternyata cuma butuh tiga baris, dan diberi nama moepdb.svl.

#svl
ReadPDB ‘amber.pdb’;
WritePDB ‘MOE.pdb’;

Sayangnya POPs masih riwil dan harus ada sedikit sentuhan. Terpaksa membuat “puisi” berikut:

#!/bin/sh

if [ $1 = “enade” ]
then

mkdir result_temp
cd result_temp
cp ../*.pdb.* .
ls *.pdb* > files.lst
pdblist=files.lst

DIR=`cat $pdblist`

for enade in $DIR; do

sed ‘s/ UNK … / XXX 300 /g’ $enade > amber.pdb
/usr/local/moe-2008.10/bin/moebatch -script /home/`whoami`/scripts/moepdb.svl
mv MOE.pdb moe_$enade
grep -Ev ‘END|TER|CONECT| NME | ACE | UNK ‘ moe_$enade |
sed ‘s/ CYX / CYS /g’ | sed ‘s/ HIE / HIS /g’ > tmp.tmp
grep “HETATM ” tmp.tmp |
sed ‘s/ XXX 300 / UNK 777 /g’ |
sed ‘s/ TR1 … / UNK 777 /g’ |
sed ‘s/ TR2 … / UNK 777 /g’ |
sed ‘s/ TR3 … / UNK 777 /g’ |
sed ‘s/ TR4 … / UNK 777 /g’ > pops_lig_$enade
grep -Ev “HETATM ” tmp.tmp > pops_rec_$enade
cat pops_rec_$enade pops_lig_$enade > pops_cpx_$enade
cp pops_*_$enade ../

done
cd ..
rm -R result_temp

else

echo “Convert all pdb (in the working directory) from amber MD simulations to be calculated using POPsc”
echo “WARNING: ALL pdb files will be changed and GONE”
echo “Usage: ./amber_md_2_pops.sh enade”

fi


~Fiuh … sekarang tinggal buat script untuk otomatisasi kalkulasi di POPs dan extract data yang dibutuhkan saja dari output POPs.

Iklan

16 September 2009 - Posted by | Secangkir ... |

4 Komentar »

  1. karena kode adalah puisi

    🙂

    Komentar oleh zen | 17 September 2009 | Balas

    • Ah … itulah Kang. Sayangnya puisi jenis ini terlalu banyak aturannya 😦

      Dan yang diposting ternyata masih ada errornya he..he..he..

      Komentar oleh DosGil | 17 September 2009 | Balas

  2. haha,.
    selamat koding!

    Komentar oleh alle | 18 September 2009 | Balas

    • Thanks …

      Eh iya galatnya sudah dibetulkan. ~tadi dicoba dah berfungsi … 😀

      Komentar oleh Enade | 19 September 2009 | Balas


Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s

%d blogger menyukai ini: