Laan van Kronenburg

dan perdjoeangan masih panjang

Segelas bir hitam dan “melukis” …

Sangat membosankan memang melihat deretan angka meski itu merupakan ukuran vital tubuh Miyabi a.k.a Maria Ozawa yang katanya dijadwalkan ke Indonesia. Otomatis dalam benak kita akan mengembalikan angka-angka dalam “bentuk” yang sebenarnya ~ Kita?!? DosGil aja kaleee ~ Apalagi angka-angka itu berupa berupa luas permukaan protein. Mengutip perkataan Bos, “It will be more pronounce and eye catching if you can provide nice pictures bla..bla.bla…

Permukaan DPP4

Aye-aye Sir. Maka mulailah DosGil menulis “puisi” lagi untuk program PyMol. Jiaaahhhh ditengah jalan karena banyak yang yang perlu di-customized. Alhasil ada baris yang sangaaatttt panjang. Ndak rapi dan ndak enak dipandang. Setelah googling dan tanya-tanya termasuk ke milis CA (Matur tengkyu Kang Sandal dan Kang Suprie!) ditemukanlah cara untuk memenggal baris. Contoh puisi bisa dilihat di bawah. Oh ya jika “puisi” tersebut di”deklamasikan” di working directory yang terdapat file 3D4L.pdb dan sofware PyMol yang properly installed maka akan mendapat gambar “cantik” seperti contoh di atas.

# Script ini berekstensi .pml dan bisa jalan jika PyMol terinstalasi properly
# Ditulis supaya suatu saat lupa cara memisahkan baris yang kepanjangan
# bisa melihat lagi script sebagai contoh.

# Judul: Contoh memenggal baris dalam script PyMol

load 3D4L.pdb
create rec, chain A and not resn HOH
create ligand, /3D4L//A/1521
delete 3D4L
hide all
bg white
show stick, ligand
color cyan, ligand and (name C*)

set solvent_radius, 2
set ambient=0
set direct=0.7
set reflect=0.0
set backface_cull=0
set transparency, 0.3

show surface,(/rec//A/TYR`547 + \
/rec//A/SER`630 + \
/rec//A/TRP`659 + \
/rec//A/TYR`662 + \
/rec//A/HIS`740 + \
/rec//A/VAL`656)

set_view (\
-0.070490569, 0.337085545, 0.938831866,\
-0.000344162, 0.941164851, -0.337950140,\
-0.997512162, -0.024145123, -0.066226959,\
0.000000373, 0.000063860, -37.865818024,\
39.430973053, 50.268218994, 38.324359894,\
-368.083343506, 443.811767578, 1.000000000 )
set ray_orthoscopic, on
set orthoscopic, on
set ray_shadows,0

ray

~Malam ini DosGil kangen menikmati bir. Akhirnya segelas kecil bir htam jadi korban sebelum nonton Pelham 123 yang cukup menghibur.

Iklan

19 September 2009 - Posted by | Secangkir ... |

1 Komentar »

  1. nyerah mbaca puisinya kang…^^

    Komentar oleh nicowijaya | 19 September 2009 | Balas


Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s

%d blogger menyukai ini: