Laan van Kronenburg

dan perdjoeangan masih panjang

Secangkir kapucino dan sebuah puisi lagi …

Akhirnya urusan lisensi bisa diselesaikan Bos dengan sempat adu argumen dulu … Dan puisi terakhir untuk protokol Induced-Fit Docking ini pun bisa disusun dan [Mode= Dora] … berhasil … berhasil .. berhasil …HORE! [/Mode]

multi_IFD-IFP.sh
#!/bin/sh

if [[ $# == 1 ]]
then
ref_IFP=$1
mkdir IFD-IFP_results
cd IFD-IFP_results
cp ../*.mol2 .
cp ../$ref_IFP .
ls ligand_*.mol2 > file.lst
sed ‘s/ligand_//g’ file.lst | sed ‘s/.mol2//g’> files.lst
list=files.lst
DIR=`cat $list`
for enade in $DIR; do
echo ligand_$enade.mol2 > pose_$enade.lst
~/share/FingerPrintLib/bin/LBMFP -R $ref_IFP -B -L pose_$enade.lst -C pocket_$enade.mol2 > $enade.ifp
compound_name=`grep “TITLE” ../$enade.mae.pdb | awk ‘{print $2}’`
pose_bits=`grep -A2 “Title:” $enade.ifp | awk ‘{if (NR==3) print $0}’`
pose_Tc=`grep -A2 “Similarity binding Tanimoto” $enade.ifp | awk ‘{if (NR==3) print $2}’`
echo “$compound_name $file_name $pose_Tc $pose_bits” >> results_ifp.txt
rm ligand_$enade.mol2
rm pocket_$enade.mol2
rm pose_$enade.lst
done
cd ..
else
echo “Usage: ./multi_IFD-IFP.sh “;
fi

Iklan

4 Desember 2009 Posted by | Secangkir ... | , | 2 Komentar

Secangkir air putih dan puisi hari ini …

Sebenarnya mau menulis tentang hari AIDS dikaitkan dengan berita di kompas.com yang berubah judul di malam hari ini, namun tidak jadi karena harus merampungkan puisi hari ini supaya besok bisa ambil day off. Day off? Iyah … menghabiskan jatah cuti tahunan

Dan ufff … akhirnya kelar juga .. 3 puisi di hari ini … dan masih ada satu puisi yang belum selesai karena lisensi expired … (lol)

mae-pdb_output.sh
#!/bin/sh
export MYAPP=~/shared/apps/schrodinger/utilities/pdbconvert
if [ $1 = “enade” ]
then
sed ‘s/,/ /g’ report.csv | awk ‘{print $5}’ | grep -Ev ‘File’ > files.lst
mkdir result-temp
cd result-temp
cp ../*-out_pv-*.mae .
mv ../files.lst .
pdblist=files.lst
DIR=`cat $pdblist`
for enade in $DIR; do
$MYAPP -imae $enade -opdb $enade.pdb
cp $enade.pdb ../
done
cd ..
rm -R result-temp
else
echo “Convert mae to pdb from IFD output”
echo “Usage: ./mae-pdb_output.sh enade”
fi

pdbmol2_ligand.sh
#!/bin/sh
export MYAPP=/usr/local/moe-2008.10/bin/moebatch
if [ $1 = “enade” ]
then
mkdir result-temp
cd result-temp
cp ../*.mae.pdb .
ls *.mae.pdb > file.lst
sed ‘s/.mae.pdb//g’ file.lst > files.lst
pdblist=files.lst
DIR=`cat $pdblist`
for enade in $DIR; do
grep “UNK” $enade.mae.pdb > ligand_$enade
cp ligand_$enade temp.pdb
$MYAPP -script ~/scripts/pdbmol2.svl
rm temp.pdb
mv temp.mol2 ligand_$enade.mol2
cp ligand_$enade.mol2 ../
done
cd ..
rm -R result-temp
else
echo “Convert the ligand from pdb to mol2”
echo “Usage: ./pdbmol2_ligand.sh enade”
fi

pdbmol2_pocket_2.sh
#!/bin/sh
export MYAPP=/usr/local/moe-2008.10/bin/moebatch
if [ $1 = “enade” ]
then
mkdir result-temp
cd result-temp
cp ../*.mae.pdb .
ls *.mae.pdb > file.lst
sed ‘s/.mae.pdb//g’ file.lst > files.lst
pdblist=files.lst
DIR=`cat $pdblist`
for enade in $DIR; do
grep “A 328 \|A 329 \|A 332 \|A 333 \|A 336 \|A 337 \|A 340 \|A 456 \|A 460 ” $enade.mae.pdb > pocket_$enade
cp pocket_$enade temp.pdb
$MYAPP -script ~/scripts/pdbmol2.svl
rm temp.pdb
mv temp.mol2 pocket_$enade.mol2
cp pocket_$enade.mol2 ../
done
cd ..
rm -R result-temp
else
echo “Convert the pocket from pdb to mol2”
echo “Usage: ./pdbmol2_pocket.sh enade”
fi

~DosGil lapar betul sekarang…

2 Desember 2009 Posted by | Secangkir ... | , | 3 Komentar