Laan van Kronenburg

dan perdjoeangan masih panjang

Secangkir air putih dan melukis …

DosGil lagi ketagihan melukis. Setelah di dua postingan sebelum ini, berpikir jadi seniman dan mencoba bikin “lukisan” (yang sampai sekarang belum laku), sekarang masih latihan memoles hasil karya dengan GIMP plus bikin animasi (dulu dah bisa kemarin lupa lagi, dan sekarang dah bisa lagi … hore …). Klik di sini untuk melihat gambar yang sama dalam bentuk animasi sederhana.

Iklan

26 September 2009 Posted by | New idea ..., Secangkir ... | 4 Komentar

Secangkir seduhan rosella dan “advance drug delivery system” …

Dalam course ini (baca dua postingan sebelumnya untuk keterangan lebih lanjut), ada sesi debat dengan juri para “hero” di bidang masing-masing baik di academia maupun company yang diundang sebagai pembicara. Beruntung DosGil berada dalam group yang cukup komplit latar belakangnya sehingga bisa beraksi dan mendapat kesempatan untuk jadi pemenang debat 😀

Hari ini DosGil terlibat dalam diskusi yang hangat dan cukup keras tentang Quo Vadis drug discovery and development today? Apakah lebih baik untuk menemukan obat baru (dari target baru) atau lebih mengalihkan energi ke pengembangan formulasi atau bahasa kerennya “development advance drug delivery system”.

“Development advance drug delivery systems is essential to compensate for droping revenues because of the low success rates within drug discovery.”

Pendapat DosGil (dan karena saking ngotot dan antusias diberi kesempatan untuk memberikan closing statement … 😀 ) adalah “Absolutely, Yes!” Tiga argumen pokok dalam hal ini:
1. Kesembuhan bukan hanya terkait pada ketangguhan obat melainkan sangat tergantung juga pada ketaatan pasien, so obat harus dibuat senyaman mungkin untuk pasien alias acceptable.
2. Problem kesehatan sekarang yang belum ada obatnya boleh jadi bukan karena belum ada senyawa yang efektif, melainkan senyawa yang ada tidak bekerja pada tempat yang tepat dan dosis yang tepat. Contoh: Penyakit yang belum ditemukan biasanya selain karena virus yang dalam drug discovery sering disebut flying target (alias cepat bermutasi sehingga obat resisten) maupun yang terkait dengan sistem syaraf pusat (Alzheimer, Parkinson, eh .. obesitas termasuk sepertinya). Kenapa? Karena sulit menemukan obat yang bisa mencapai sistem syaraf pusat dan bekerja di tempat yang tepat.
3. The drugs are there, tersedia dalam bentuk sintesis maupun masih bersembunyi dalam alam, dalam bentuk herbal medicine. It’s obvious, isn’t it?

Dengan ini industri farmasi seharusnya lebih fokus pada formulasi dan fokus pada pasien (cieehhhh… koq jadi ingat sebuah Fakultas Farmasi yangpunya jargon Patient Oriented). Maksudnya fokus pada pasien adalah, instead of menemukan obat baru (yang juga penting) lebih baik fokus pada kebutuhan pasien sehingga bisa memproduksi obat dengan formulasi yang lebih nyaman bagi pasien. Contoh sederhana: Inhaled Insulin sebagai pengembangan dari Injected Insulin, secara insulin tidak bsia diberikan per oral karena langsung akan dibabat habis oleh enzym-enzym dalam saluran pencernaan. Poin yang dua hari yang lalau sempat diusulkan oleh DosGila dalam dua postingan sebelum ini (fokus ke toksisitas dan formulasi), hari ini diklarifikasi dengan jelas oleh Prof. Herman Vromans. Obat-obat “ini” (maksudnya obat-obat yang sudah beredar dan jadi cash cow industri namun masih bisa didevelop alias diformulasi lebih baik lagi) sudah teruji aktivitas dan toksisitas di pasar. So, dana pengembangan hampir pasti jauh lebih rendah dibandingkan biaya membawa New Chemical Entity (NCE) ke pasar. Hal ini pula yang dicurigai menjadi penyebab akuisisi dan merger pelaku-pelaku industri obat. Tahun ini Organon diakusisi oleh Schering-Plough dan tidak sampai satu semester, diakusisi oleh Merck. Why? Salah satu kecurigaan DosGil adalah industri yang diakuisisi memiliki produk yang menarik yang bisa “diperpanjang” patentnya dengan advance drug delivery oleh industry yang mengakuisisi. Dan pula, industri yang diakuisisi sudah memiliki pipeline yang establish dalam produksi produk yang diincar. Apa hubungannya? Ya karena pabrik obat sangat tergantung dari patent, begitu patent berakhir dan tidak ada obat baru yang bisa dijadikan cash cow (baca dua postingan sebelum ini). It’s over, kompetisi akan ketat dengan terlibatnya pabrik yang produksi generik. Nah, dengan mematenkan aplikasi dan teknologi baru dari NCE … maka umur patent bisa diperpanjang. Andai harus berkompetisi dengan generik pun, produk originator dengan formulasi yang lebih baik, masih akan mendapat tempat di hati masyarakat.

Terus bagaimana nasib unmet medical needs alias penyakit-penyakit yang belum ada obatnya? Nah kalau paragraf sebelumnya membahas poin pertama dari argumen, maka jawaban pertanyaan ini akan mnyambung ke point kedua sekaligus point ketiga. Penyakit itu mungkin atau memang sudah ada senyawa aktifnya. Silakan telusuri uji in vitro tentang penyakit yang belum ada obatnya? Namun belum bisa dikembangkan menjadi obat karena tidak tepat dosis di tempat yang tepat. So far, pengembangan senyawa baru biasanya akan memperbaiki satu properti namun akan merusak properti yang lain, yang ujung-ujungnya ndak jadi obat juga. Jadi sebenarnya bukan belum ada obatnya tapi NCE yang ada belum memenuhi syarat jadi obat, dan “advance drug delivery system” bisa jadi merupakan solusi yang tepat. Lha kalau benar-benar penyakit baru terus gimana? Nah ini … Perlu sedikit pragmatis, penelitian perlu uang, siapa yang melakukan penelitian kalau industri farmasi bangkrut dan tutup. Fyi, salah satu fakta yang disampaikan dalam diskusi hari ini adalah: dana penelitian satu perusahaan obat sudah melebihi dana penelitian yang disediakan oleh pemerintah Belanda (bukan hanya untuk obat saja) setiap tahunnya. Maka dalam kasus dan kondisi krisis NCE ini, sepertinya quoted pernyataan di atas sudah sangat tepat.

Nah, saatnya berpikir tentang Republik tercinta. Apa yang bisa dilakukan terkait issue ini? Sama dengan usulan di dua postingan sebelumnya: Manfaatkan obat-obat off patent dengan memproduksi generic yang bisa dipertanggungjawabkan bioequivalent/bioavailabilitas-nya yang tentu saja hanya akan bisa dicapai dengan kompetensi teknologi farmasi yang mumpuni.

Terus bagaimana kaitan issue ini dengan penemuan obat baru di Indonesia? Untuk hal ini thanks to Prof. Meindert Danhof, Prof. De Mey, dan Prof. van Gerven yang menyampaikan ide dan pengetahuan tentang pharmacology today (lengkap dengan konsep “system pharmacology approach”) baik dalam course maupun diskusi di saat makan malam. Posisi DosGil dalam hal ini jelas: Explore dan explain aksi pharmacology dari herbal medicines! Untuk memaparkan satu kalimat ini, konsep “dialog antar Dragon dan Phoenix” akan digunakan.

“Dragon” (atau Naga) dalam hal ini mewakili komunitas timur jauh pengguna traditional/herbal medicines, sementara Phoenix (burung api?) mewakili komunitas barat. Kenapa Dragon dan Phoenix dipakai? DosGil dalam hal ini terinspirasi dengan berbagai cerita baik dalam komik, novel maupun film. Dragon di timur jauh dikenal sebagai protagonis dan Phoenix sebagai antagonist (silakan baca komik Chinmi dan Legenda Naga), sementara di barat sebaliknya (silakan baca Harry Potter atau film-film barat maupun kisah St. George). “Perseteruan” itu akan berakhir dengan damai, diawali dengan perundingan dan komunikasi. Perundingan akan terjadi ketika ada bahasa yang sama (atau setidaknya penerjemah) sehingga maksud-maksud masing-masing pihak tersampaikan. Phoenix memilki konsep dasar “selektif dan spesifik” dan Dragon memiliki dasar “keseimbangan”.

Konsep Phoenix mungkin saja “ideal”, namun terbukti sering menimbulkan masalah baru (adverse effect) maupun belum bisa bicara banyak untuk penyakit-penyakit degeneratif dan penyakit-penyakit terkait lifestyle. Komunitas Phoenix mulai bergeser dari “single drug, single target” ke “system pharmacology”. Moreover, polypharmacy (yang sangat “ditentang” karena issue interaksi obat dll. karena konsep selective-specific) mulai di”saran”kan dalam bentuk introducing “polypills” di UK, untuk menjaga “keseimbangan”. Sementara itu komunitas Dragon mencoba mengisolasi senyawa yang bertanggung jawab dari traditional medicine, dan mencoba menjelaskan aksi dari “serendipity polypharmacy”. Banyak penemuan obat merupakan serendipity, anyhow! Sebenarnya DosGil agak kurang setuju untuk mengerahkan energy untuk mengembangkan obat baru based senyawa hasil isolasi. That’s good. However, DosGil lebih menyarankan untuk melakukan pengembangan formulasi sehingga traditional medicine menjadi lebih menarik untuk dikonsumsi. Tentu saja harus sudah proven tidak toksik. Untuk masalah aksi farmakologis memang agak sedikit lebih rumit, secara berdasar pada filosofi “keseimbangan” tentunya proses tidak akan drastis. Sayangnya butuh kesabaran dan “iman” untuk menggunakan obat-obatan ini compare to menggunakan obat-obat phoenix yang cepat dan biasanya langsung dapat dirasakan efeknya.

Dan, salah “dua” bahasa yang dimengerti dua belah pihak adalah adalah bahasa molekul dan bahasa numerik. So, mungkin pemodelan molekul, PK/PD modeling, epidemiology bisa menjadi sarana dan jembatan komunikasi dalam “dialog Dragon dan Phoenix”.

~DosGila menikmati malam terakhir di Woudschoten sebelum minggu depan datang lagi untuk course business-entrepreneurial-skills

Phoenix Dragon

Gambar diambil dari sini dan sini.

25 September 2009 Posted by | Secangkir ... | , | 2 Komentar

Secangkir teh dan seniman …

Huahahahahahahahaaa … ~ketawa ala Rahwana

Seorang “hero” di bidang drug discovery hari ini menyampaikan fakta luar biasa: Drug Discovery adalah gabungan dari art dan science. So, kalau suatu saat “bisnis” ini saturated, alih pekerjaan menjadi seniman mungkin lebih menjanjikan dalam segi finansial … (sambil mencontohkan lukisan “molekul” karya seorang seniman yang laku dijual 15.000 Poundsterling …)

Ada yang tertarik membeli “lukisan” di bawah ini untuk digantung di ruang tamu atau ruang kerja?

Permukaan DPP4

Eh adakah layanan nge-print di atas kanvas di Yogyakarta? Berapaan ya biayanya? Masih malas nge-google ki …

~DosGil berpikir untuk jadi seniman …

23 September 2009 Posted by | Secangkir ... | 1 Komentar

Segelas air putih dan prediksi dunia farmasi 11 tahun ke depan …

Healthy and Wealthy

Healthy and Wealthy

Segelas air putih? Iyahhh … segelas air putih koq (setelah tiga gelas Heineken di bar Hotel Woudschoten usai pembukaan course Drug Discovery and Development Cycle).

Kursus yang dimulai pukul 17.00 CET lebih 2 menit sore tadi dimulai dengan tantangan kepada peserta yang isinya adalah peneliti-peneliti muda TI Pharma yang pastinya terlibat di salah satu rantai Drug Discovery and Development Cycle. Fakta-fakta disampaikan dan juga dipaparkan dengan jelas dengan pembicara salah satu pejabat dari Schering-Plough (d/h Organon). Intinya adalah: Drug Discovery mengalami kemunduran 10 tahun terakhir. Investasi menggelembung sementara new chemical entity yang sampai ke pasar menurun setiap tahunnya. Teknologi yang semakin canggih seharusnya memungkinkan percepatan penemuan bukan sebaliknya. How come? Apparently ada 2 dugaan kuat jawaban dari pertanyaan itu (hasil dari diskusi): 1. Hampir semua target yang “mudah” sudah memiliki obat di pasar. Sebagai contoh: Untuk menurunkan kolesterol ada Lipitor dari Pfizer dan teman-temannya. Apakah ada obat dengan target ini yang lebih baik saat ini? So far sulit mendapatkan yang lebih baik. Lipitor sendiri di tahun 2008 menghasilkan 12.8 jt dollar US. Jadi kalau nanti jadi generik di tahun 2011, darimana Pfizer akan menambal pemasukan sebesar itu? 2. Kecanggihan teknologi yang bermata dua, disatu sisi membantu eksplorasi aksi obat di satu sisi regulasi pun semakin ketat, Contoh sederhana: Tembakau dan alkohol kalau ditemukan saat ini tidak akan mendapat persetujuan dari FDA.
So, solusinya adalah (hasil dari diskusi juga): multidisipliner dan bekerja di target baru yang termasuk priority medicine-nya WHO. Meskipun target baru pastinya relatif lebih sulit.

Satu hal yang muncul juga dalam diskusi adalah sistem patent yang kapitalis yang membatasi perkembangan obat baru. Obat baru hanya mendapat pelindungan paten sekitar 15 tahun. Padahal penemuan obat sampai disetujui bisa lebih dari 15 tahun. Dan … ini yang penting, compare dengan produk makanan/minuman yang bisa disembunyikan secret ingredients as long tidak toksik, produk obat harus didaftarkan ke FDA/EMEA yang artinya disclosure dari secret ingredient yang artinya harus didaftarkan paten sebelumnya, yang juga berarti: detik kematian obat yang “baru” ditemukan udah berdetak.

Baiklah, mungkin membaca tulisan ini sudah membosankan. DosGil yang terlibat dalam diskusi pun tadi sudah menguap berkali-kali. Namun di bagian membicarakan paten, tiba-tiba serasa ada pencerahan baru. Paten yang sepertinya menguntungkan negara kapitalis ternyata ada sisi menguntungkan bagi negara berkembang. Dengan banyak obat yang off patent dan dengan pabrik obat yang bertebaran di Indonesia serta juga Fakultas Farmasi yang menjamur. Harusnya dapat diproduksi obat murah sehingga masyarakat Indonesia bisa semakin “healthy and wealthy”. Dari sini terlihat ada setidaknya dua bidang farmasi yang mempunya prospek dikembangkan mengantisipasi ini:
1. Karena terkait obat generik maka “kesamaan” dengan produk original harus terjamin. Artinya hal-hal terkait bioavailability dan bioequivalensi harus mantabs.
2. Untuk memproduksi obat generik dengan kualitas yang “sama” dengan originator kemampuan formulasi harus mumpuni.

Di sisi lain, untuk melindungi masyarakat dari booming obat generik dengan berbagai kualitas maka di bagian regulasi (POM) pun harus siap. Dan juga dilengkapi dengan ahli-ahli farmasi klinik dan komunitas yang berjaga di garis depan pelayanan bertemu dengan pasien.

So, bagaimana dengan drug discovery di Indonesia? Quo vadis?

Dalam benak DosGil, ada beberapa strategi yang bisa diadaptasi. Artinya ndak harus ikut-ikutan dengan teknik yang semakin canggih yang harus invest banyak uang untuk diikuti. Karena teknik itu akan berkembang dan yang efisien yang akan dipakai, yang terbukti tidak efisien akan ditinggalkan( for example combinatorial chemistry yang sudah ditinggalkan). Yang terbukti efisien dan efektif adalah classical drug discovery: animal testing (… errr siap-siap digebuki para pecinta binatang …) dan eksplore kekayaan alam Indonesia yang belum tereksplore dan yang pasti adalah belum tersimpan dalam basis data yang lengkap.

Berikut usulan DosGil dalam penemuan obat di Indonesia:
1. Eksplore obat tradisional (dan bangun basis data yang lengkap dan dapat diakses)
2. Tes toksisitas untuk memastikan keamanan.
3. Formulasi untuk memastikan acceptability
… sampai disini sudah marketable sepertinya sebagai food and beverages 😀
4. Tes aktivitas untuk memastikan khasiat.
… cukup sampai disini sepertinya … tapi supaya lebih meyakinkan …
5. Uji-uji dengan metode dan teknis yang advance yang diakui international untuk eksplain aktivitas dan toksisitas sehingga bisa menghasilkan publikasi ilmiah yang seksi.

~Ah … sepertinya DosGil sudah rada-rada mabuk ini. Yang ditulis di atas bisa jadi cuma imajinasi akibat tiga gelas Heineken. Yang pasti PP No. 51 tahun 2009 tentang Pekerjaan Kefarmasian sudah disahkan 1 September 2009 yang lalu. DosGil belum sempat membacanya. Apakah mau baca? Ah entahlah

23 September 2009 Posted by | New idea ..., Secangkir ... | 9 Komentar

Secangkir seduhan rosella dan cerita lama (yang t’lah usai?) …

Entah angin apa yang membuat suasana hati tiba-tiba jadi mellow begini. Rasanya koq seperti sunyi sangat. Sepertinya hari ini biasa aja. Ndak terlalu strugle dan ndak terlalu wonderful. Entahlah …. jadi teringat puisi yang pernah ditulis sekitar tiga tahun yang lalu. Ternyata belum begitu lama ya … baru tiga kali putaran bumi mengitari matahari.

Menyapa Embun Pagi …

Jejak kaki ini berhenti di bukit harapan
perbatasan antara nestapa kenyataan
dan indahnya impian
Kotamu terlihat gemerlap pagi ini
Kota tempat kita berbagi impian dan kenyataan
Kota tempat kau pernah membisikkan harapan
yang dengan tegas selalu berakhir dengan,
“Ini hanya harapan, bukan janji, apalagi kepastian.”

Senandung sendu menyaput kabut biru
sepanjang jalan dari kotamu
dalam pilu aku mencari kerlip rumahmu
yang bisa kupandangi dalam merindu

“Pergilah”,
Kata terakhir yang terucap olehmu dalam lelah
masih terngiang di hati yang gelisah
dan menutupi semua pepatah
serta cerita-cerita masa indah

Aku telah pergi sekarang
dari hatimu yang lebih keras bagai karang
memang lautan mampu mengubah karang
namun aku bukan lautan, aku juga bukan gelombang
yang mampu mengikis tebing karang saat pasang

Kabut memilih untuk pergi
meninggalkan embun sendiri menghadapi mahatari
bersembunyi di daun-daun kering disekitar kaki ini
yang enggan diajak melangkah lagi

Bibir ini masih bergetar mencari hangat kecupanmu
yang dulu selalu menghampiri saat kau lelah dan rindu
biarlah ini menjadi kenangan sebuah masa lalu
yang tiada abadi karena akan berlalu
setelah harapanku dan hasratmu layu

Kau pernah berkata,
“andai matahari tidak muncul hari ini
embun ini masih akan menemani kita”
namun sepertinya kau sengaja melupakan
bahwa matahari pasti akan segera muncul
dan kisah sang embun pun pasti akan berakhir

Angin membisikkan kepadaku saat itu,
“embun hari ini akan jadi kenangan
dan embun esok hari masih berupa angan.”
dan aku memilih menjadi embun.

Engkau sudah memutuskan untuk memintaku pergi
Namun kakiku yang mendengar suara hati
masih enggan melangkah lagi
Kapan berakhir ini elegi?
Mungkin saat embun berubah jadi bidadari
dan matahari enggan bersinar lagi

~ DosGil menyeruput seduhan rosella sementara angannya menerawang kembali Ullen Sentalu 4 tahun silam.

22 September 2009 Posted by | Secangkir ... | | Tinggalkan komentar

Segelas bir hitam dan “melukis” …

Sangat membosankan memang melihat deretan angka meski itu merupakan ukuran vital tubuh Miyabi a.k.a Maria Ozawa yang katanya dijadwalkan ke Indonesia. Otomatis dalam benak kita akan mengembalikan angka-angka dalam “bentuk” yang sebenarnya ~ Kita?!? DosGil aja kaleee ~ Apalagi angka-angka itu berupa berupa luas permukaan protein. Mengutip perkataan Bos, “It will be more pronounce and eye catching if you can provide nice pictures bla..bla.bla…

Permukaan DPP4

Aye-aye Sir. Maka mulailah DosGil menulis “puisi” lagi untuk program PyMol. Jiaaahhhh ditengah jalan karena banyak yang yang perlu di-customized. Alhasil ada baris yang sangaaatttt panjang. Ndak rapi dan ndak enak dipandang. Setelah googling dan tanya-tanya termasuk ke milis CA (Matur tengkyu Kang Sandal dan Kang Suprie!) ditemukanlah cara untuk memenggal baris. Contoh puisi bisa dilihat di bawah. Oh ya jika “puisi” tersebut di”deklamasikan” di working directory yang terdapat file 3D4L.pdb dan sofware PyMol yang properly installed maka akan mendapat gambar “cantik” seperti contoh di atas.

# Script ini berekstensi .pml dan bisa jalan jika PyMol terinstalasi properly
# Ditulis supaya suatu saat lupa cara memisahkan baris yang kepanjangan
# bisa melihat lagi script sebagai contoh.

# Judul: Contoh memenggal baris dalam script PyMol

load 3D4L.pdb
create rec, chain A and not resn HOH
create ligand, /3D4L//A/1521
delete 3D4L
hide all
bg white
show stick, ligand
color cyan, ligand and (name C*)

set solvent_radius, 2
set ambient=0
set direct=0.7
set reflect=0.0
set backface_cull=0
set transparency, 0.3

show surface,(/rec//A/TYR`547 + \
/rec//A/SER`630 + \
/rec//A/TRP`659 + \
/rec//A/TYR`662 + \
/rec//A/HIS`740 + \
/rec//A/VAL`656)

set_view (\
-0.070490569, 0.337085545, 0.938831866,\
-0.000344162, 0.941164851, -0.337950140,\
-0.997512162, -0.024145123, -0.066226959,\
0.000000373, 0.000063860, -37.865818024,\
39.430973053, 50.268218994, 38.324359894,\
-368.083343506, 443.811767578, 1.000000000 )
set ray_orthoscopic, on
set orthoscopic, on
set ray_shadows,0

ray

~Malam ini DosGil kangen menikmati bir. Akhirnya segelas kecil bir htam jadi korban sebelum nonton Pelham 123 yang cukup menghibur.

19 September 2009 Posted by | Secangkir ... | | 1 Komentar

Secangkir air putih dan “puisi” hari ini …

Untuk menghitung luas permukaan protein yang dapat diakses oleh air, diperlukan suatu software yang ndak ada di lab.
Untunglah, di salah satu tempat di muka bumi ada yang mengembangkan software tersebut namanya POPs.
Sayangnya, software tersebut “riwil” alias butuh input file dengan format yang baku. Padahal output hasil simulasi dengan amber tidak mempunyai format yang baku.
Untungnya, lab punya software yang bisa mengubah ke format yang baku, namanya MOE.
Sayangnya DosGil biasa pakai GUI-nya. Terpaksa belajar svl script.
Untungnya, ternyata cuma butuh tiga baris, dan diberi nama moepdb.svl.

#svl
ReadPDB ‘amber.pdb’;
WritePDB ‘MOE.pdb’;

Sayangnya POPs masih riwil dan harus ada sedikit sentuhan. Terpaksa membuat “puisi” berikut:

#!/bin/sh

if [ $1 = “enade” ]
then

mkdir result_temp
cd result_temp
cp ../*.pdb.* .
ls *.pdb* > files.lst
pdblist=files.lst

DIR=`cat $pdblist`

for enade in $DIR; do

sed ‘s/ UNK … / XXX 300 /g’ $enade > amber.pdb
/usr/local/moe-2008.10/bin/moebatch -script /home/`whoami`/scripts/moepdb.svl
mv MOE.pdb moe_$enade
grep -Ev ‘END|TER|CONECT| NME | ACE | UNK ‘ moe_$enade |
sed ‘s/ CYX / CYS /g’ | sed ‘s/ HIE / HIS /g’ > tmp.tmp
grep “HETATM ” tmp.tmp |
sed ‘s/ XXX 300 / UNK 777 /g’ |
sed ‘s/ TR1 … / UNK 777 /g’ |
sed ‘s/ TR2 … / UNK 777 /g’ |
sed ‘s/ TR3 … / UNK 777 /g’ |
sed ‘s/ TR4 … / UNK 777 /g’ > pops_lig_$enade
grep -Ev “HETATM ” tmp.tmp > pops_rec_$enade
cat pops_rec_$enade pops_lig_$enade > pops_cpx_$enade
cp pops_*_$enade ../

done
cd ..
rm -R result_temp

else

echo “Convert all pdb (in the working directory) from amber MD simulations to be calculated using POPsc”
echo “WARNING: ALL pdb files will be changed and GONE”
echo “Usage: ./amber_md_2_pops.sh enade”

fi


~Fiuh … sekarang tinggal buat script untuk otomatisasi kalkulasi di POPs dan extract data yang dibutuhkan saja dari output POPs.

16 September 2009 Posted by | Secangkir ... | | 4 Komentar

Secangkir air putih dan “I’m invisible” …

https://i0.wp.com/people.ee.duke.edu/~drsmith/cloaking/invisible_man.jpg

I'm invisible

Kejadian ini dialami DosGil tepatnya dua hari yang lalu (9/11).

DosGil sedang antre di tempat ngisi kartu pass untuk naik subway untuk cadangan, kalau mau jalan-jalan week end. Eh tiba-tiba ada seorang bapak-bapak tinggi besar, nyerobot antrean. Sponta DosGil menegur beliau, “Excuse, I’m in the queue Sir”

“What (dengan tampang ngajak kelahi)?!?!?!?! I did not see you. You’ve just come.”

Sementara petugasnya ndak banyak komen apa-apa (ngeri juga kalee sama si Bapak) dan kereta subwayku dah datang (yang apparently subway-nya si Bapak juga)
“Oh, okay, have a nice day” , jawabku sambil loncat ke kereta subway menuju kampus, daripada telat.

Sesampai di halte kampus melenggang dengan santai me-recharge kartu pass subway ndak ada yang ngantri ….

I’m invisible.

~DosGil merenung sambil terkenang kejadian sekitar setahun silam. Hebat ya … baru 3 tahun di Belanda sudah “invisible”.

13 September 2009 Posted by | Secangkir ... | 3 Komentar

Secangkir air putih dan “Sang Pemimpi” …

https://i1.wp.com/upload.wikimedia.org/wikipedia/id/8/89/Sang_Pemimpi_sampul.jpg

Halaman Sampul Sang Pemimpi

Iya iya … sudah lama sekali buku ini terbit. Basbang dan sangat kemamulon membahas buku ini. Anyhow, jemari ini sepertinya memaksa hasrat untuk bercerita yang ada kaitanya dengan buku ini. Cerita diawali dari saat DosGil mampir ke rumah teman kemarin karena diundang buka bersama ~Iya, DosGil memang ndak puasa, tapi kan rejeki ndak boleh ditolak toh … Nah di kamar rekan tadi tergeletak buku bersampul biru yang mengingatkan DosGil pada sebuah percakapan di masa lalu ketika DosGil menemukan seorang teman matanya berkaca-kaca membaca buku itu.

“Eh, kenapa kau nangis?” DosGil mengganggu dengan nada jahil.

“Ah .. siapa juga yang nangis” jawabnya sambil mengerjap-ngerjapkan mata berusaha menyembunyikan bukti fisik bahwa air mata sempat tergenang di pelupuk matanya.

“Ah ndak usah malu lah. Aku juga terharu dulu sampai berkaca-kaca baca buku itu. Apalagi mbacanya saat dalam pesawat menuju Amsterdam pertama kali.”

“Iya Boi, buku ini mengingatkanku pada banyak hal.” Gaya bicaranya mulai ikut-ikutan gaya Melayu tulisan Hirata itu.

Echt waar?”

“Iya sangat. Mungkin kalau dengan kondisi sekarang buku Edensor atau Negeri van Oranje lebih dekat dengan keadaan. Tapi energi itu Boi … energi itu Boi yang ndak pernah bisa kulupakan. Membaca lagi buku ini serasa mengembalikan energi masa itu. Atau … kita ini sudah tua ya Boi? Ikal dan Arai dalam buku ini masih bisa meledakkan kekuatan mimpi. Kemana energi itu pergi Boi?”

“Aku ndak tahu …” jawab DosGil setelah terdiam lama.

Me neither. Mungkin perlu membaca-baca lagi buku-buku seperti ini atau membuka ulang arsip blogmu, Boi! Lumayan untuk injeksi sesaat energi masa muda itu.”

DosGil hanya tersenyum kecut mencerna rekomendasi itu.

Moreover, banyak quote di buku ini yang mungkin kembali menampar sifat procastinator yang kupupuk di Belanda ini.”

“Contohnya?”

“Lihatlah ini Boi, halaman 165 buku ini.”

DosGil pun mendekat dan membaca bagian yang dia tunjukkan.

Itulah Capo: sederhana, tak banyak cingcong, dan kemampuannya merealisasikan ide menjadi tindakan nyata jauh lebih tinggi dari para intelektual muda Melayu mana pun. Mengajarkan mentalitas merealisasikan ide menjadi tindakan nyata barangkali dapat dipertimbangkan sebagai mata pelajaran baru di sekolah-sekolah kita.

“Baguslah kalau kau, dan mungkin juga aku bisa menginternalisasi mentalitas itu pada diri kita sendiri. Tapi juga ingat masalah kultur kawan. Kultur sekolah-sekolah kita mungkin belum siap menerima hal itu. Siap-siap saja menjadi terasing dan disingkirkan.”

“Bukankah lebih baik diasingkan daripada menyerah pada kemunafikan?” kelitnya mengutip Gie.

In my opinion, diasingkan tidak jauh lebih baik daripada menyerah pada kemunafikan secara dua-duanya ndak memberi nilai tambah.”

“So?”

Sambil tersenyum dan beranjak pergi mengambil segelas air, Dosgil menjawab “Cerdik seperti ular dan tulus seperti merpati.”

Sebelum menenggelamkan diri di laptop, DosGil masih sempat menukas, “Dan yang pertama disebut dari ayat tersebut adalah: cerdik seperti ular!.”

~DosGil sudah ditenggelamkan dengan kesibukannya lagi di negeri kincir. Thanks to rekan-rekan CA yang menemani beberapa waktu lalu saat Dosgil liburan musim panas di Yogya dan masih terkena jetlag (alesyan untuk berkeliaran malam-malam).

5 September 2009 Posted by | Secangkir ... | 1 Komentar