Laan van Kronenburg

dan perdjoeangan masih panjang

Secangkir aloe vera dan “Synergy” …

Iya bukan synergy yang itu melainkan synergy yang ini. <– Silakan klik link tersebut untuk mencobanya.

DosGil #baru tahu ada aplikasi seperti ini. Sangat membantu! Apalagi untuk orang dengan meja kerja seperti ini …

null

~DosGil mem-posting sambil memantau #merapi. Teman-teman relawan, semangat ya! Semoga “cawan” ini segera berlalu dari Indonesia.

31 Oktober 2010 Posted by | Secangkir ... | Tinggalkan komentar

Sebutir apel dan “screen” …

DosGil selalu lupa perintah itu. Ini ditulis sebagai penanda …

screen

26 Oktober 2010 Posted by | Secangkir ... | Tinggalkan komentar

Secangkir dubbel espresso dan temu lawak …

Kemarin baca di twitter Bang @arijuliano, bercerita dan berkomentar tentang “salah kaprah” dalam patent temu lawak. Saya pun jadi gatal ingin komentar.

Hallo … tanaman kan ndak bisa dipatentkan. Yang bisa dipatentkan proses terkait dan senyawa aktif yang ditemukan di dalamnya, proses ekstraksinya dan lain-lain. Dan temu lawak ini sudah diteliti lamaaaaa …. kalau ada yang mematenkan sesuatu dari temu lawak hampir dipastikan akan ada masalah dengan kebaruannya. 😀 Tapi ini kan masalah kreativitas. DosGil sih usul paten formula saja. Eh kenapa harus paten sih … Kalau mau melindungi produk tidak perlu dipatenkan. Dipublikasikan saja sudah membunuh “kebaruan” dari invensi dan jadi ganjalan saat proses legal. Publikasi ilmiah silakan ke jurnal-jurnal ilmiah yang agak ribet prosedur tapi bisa jadi kredit poin untuk naik pangkat bagi dosen maupun peneliti. Kalau mau benar-benar berbagi … silakan bikin blog dan sebarkan penemuan anda.

Kalau sudah punya blog silakan ikut dan hadir di temu lawak akbar #pb2010. 😀 Akan banyak lawakan pasti di acara ini, secara banyak orang dengan kadar kelucuan tinggi akan hadir.

#Merdeka

22 Oktober 2010 Posted by | New idea ..., Secangkir ... | , , | 2 Komentar

Secangkir es teh buah persik dan “repurposing” …

Hari ini DosGil nonton pelem berjudul “Amazing Grace“. Satu quote penting yang mengubah dalam pelem ini adalah “nosus decipio”. Artinya? Silakan digoogle. 😀 Kata itu mengubah cara perjuangan yang radikal menjadi cara yang “cerdas”.

Dua minggu silam DosGil menghadiri serangkaian kuliah dan presentasi poster di sebuah kota kecil bernama Lunteren. Ada satu ide cerdas macam wangsit yang menyambar: “Computational-aided drug repurposing” yang disampaikan oleh Tudor Oprea. Dalam sejarah manusia untuk menemukan “magic bullet” untuk membunuh penyakit, doktrinnya adalah selektif dan spesifik. Sementara efek samping obat yang merupakan pertanda tidak adanya obat yang selektif dan spesifik adalah keniscayaan. So, ketika viagra sedang berusaha dihadirkan kembali dalam nama revatio untuk tugas lain, dan juga aspirin hadir sebagai aspilet, bisa jadi obat-obat dari penyakit-penyakit yang belum “ada” obatnya sudah berada di pasar tinggal menunggu untuk di”repurpose”.

~DosGil berpikir untuk berubah fungsi, “nosus decipio”. Eh ..

16 Oktober 2010 Posted by | New idea ..., Secangkir ... | | 2 Komentar

Segelas air putih dan aplikasi gratis pemodelan molekul …

Pemodelan molekul atau kimia komputasi semakin dimanjakan oleh hadirnya aplikasi-aplikasi gratis yang reliable. Dari hasil diskusi bincang-bincang DosGil dengan Radif lewat Ym! sementara anak-anak CA pada berpesta di @pbjogja hmmppfff diketahui bahwa untuk pemodelan molekul atau kimia komputasi sudah tersedia aplikasi-aplikasi gratis yang jika dikumpulkan sudah cukup melingkupi (hampir) semua jenis penelitian terkait pemodelan molekul. Baiklah yang dimaksud di sini bukan sekedar daftar aplikasi gratis melainkan aplikasi-aplikasi gratis yang sudah pernah dipakai oleh DosGil atau Radif. DosGil biasa menggunakan ChemAxon untuk menggambar struktur molekul kecil, konversi tipe file, konversi 2D ke 3D, protonasi/deprotonasi, hingga tautomer/conformer search. Untuk preparasi struktur protein, YASARA view memberikan bantuannya. Untuk skrining virtual berbasis struktur dengan docking menjadi tulang punggung, PLANTS jadi pilihan. Sementara untuk visualisasi DosGil memilih PyMOL sementara Radif memilih menggunakan VMD. Perbedaan preferensi ini akibat dari kebutuhan Radif yang menggunakan VMD dengan NAMD untuk studi dinamika molekul (MD; molecular dynamics). Sepertinya sudah semua … Oh belum. Untuk penelitian pemodelan molekul yang melibatkan statistik dan data mining, e.g. QSAR (quantitative structure-activity relationships; hubungan kuantitatif struktur-aktivitas), DosGil menggabungkan Weka dan R.

Satu lagi sebelum mengakhiri postingan ini. Ada psi3 yang potensial untuk dijadikan substitusi dari Gaussian dalam perhitungan ab-initio. Kenapa potensial? Yup, karena both DosGil dan Radif belum menjajal. Namun aplikasi ini ada di repo-nya Ubuntu. Dan dari mempelajari manualnya, sepertinya doable. Satu aplikasi untuk perhitingan ab initio yang gratis adalah GAMESS tapi hingga saat ini baik DosGil maupun Radif masih belum sukses melakukan instalasi. 😀

Jadi … alat sudah tersedia. Mari berkarya …

Merdeka!
Enade

10 Oktober 2010 Posted by | New idea ... | , , , | 9 Komentar