Laan van Kronenburg

dan perdjoeangan masih panjang

Segelas air putih dan aplikasi gratis pemodelan molekul …

Pemodelan molekul atau kimia komputasi semakin dimanjakan oleh hadirnya aplikasi-aplikasi gratis yang reliable. Dari hasil diskusi bincang-bincang DosGil dengan Radif lewat Ym! sementara anak-anak CA pada berpesta di @pbjogja hmmppfff diketahui bahwa untuk pemodelan molekul atau kimia komputasi sudah tersedia aplikasi-aplikasi gratis yang jika dikumpulkan sudah cukup melingkupi (hampir) semua jenis penelitian terkait pemodelan molekul. Baiklah yang dimaksud di sini bukan sekedar daftar aplikasi gratis melainkan aplikasi-aplikasi gratis yang sudah pernah dipakai oleh DosGil atau Radif. DosGil biasa menggunakan ChemAxon untuk menggambar struktur molekul kecil, konversi tipe file, konversi 2D ke 3D, protonasi/deprotonasi, hingga tautomer/conformer search. Untuk preparasi struktur protein, YASARA view memberikan bantuannya. Untuk skrining virtual berbasis struktur dengan docking menjadi tulang punggung, PLANTS jadi pilihan. Sementara untuk visualisasi DosGil memilih PyMOL sementara Radif memilih menggunakan VMD. Perbedaan preferensi ini akibat dari kebutuhan Radif yang menggunakan VMD dengan NAMD untuk studi dinamika molekul (MD; molecular dynamics). Sepertinya sudah semua … Oh belum. Untuk penelitian pemodelan molekul yang melibatkan statistik dan data mining, e.g. QSAR (quantitative structure-activity relationships; hubungan kuantitatif struktur-aktivitas), DosGil menggabungkan Weka dan R.

Satu lagi sebelum mengakhiri postingan ini. Ada psi3 yang potensial untuk dijadikan substitusi dari Gaussian dalam perhitungan ab-initio. Kenapa potensial? Yup, karena both DosGil dan Radif belum menjajal. Namun aplikasi ini ada di repo-nya Ubuntu. Dan dari mempelajari manualnya, sepertinya doable. Satu aplikasi untuk perhitingan ab initio yang gratis adalah GAMESS tapi hingga saat ini baik DosGil maupun Radif masih belum sukses melakukan instalasi. 😀

Jadi … alat sudah tersedia. Mari berkarya …

Merdeka!
Enade

Iklan

10 Oktober 2010 Posted by | New idea ... | , , , | 9 Komentar