Laan van Kronenburg

dan perdjoeangan masih panjang

Secangkir air putih suam-suam kuku dan “Menulis buku …”

Buku? Iya, buku. Kenapa buku? nDak cukup bikin kultwit atau bahkan nge-blog? Errr … Lha itu notes di FB juga bisa dipakai, kenapa buku? #kemudianhening

Di atas adalah percakapan imajiner yang terjadi di benak DosGil beberapa saat lalu saat akan menulis buku. Dan memang sih, dalam menulis buku (ber-ISBN) Dosgil belum pernah tembus lebih dar 60 halaman. Tapi kenapa buku? Karena dengan buku, DosGil memiliki kesempatan untuk merangkum kembali loncatan-loncatan ide dan gagasan, yang berserak dalam diskusi, berbagai blog, milis, bahkan status fb dan kicauan twitter, dalam satu cerita utuh dengan topik tertentu. Singkatnya, mempermudah pembaca (atau partner diskusi) melakukan “helicopter view“. View, view ttg apa? Ya tentang topik tertentu. Misal? Misal … hmm tentang kerjaan/gagasan/idealisme/tips-trick DosGil di pemodelan molekul. Tahun 2012 ini DosGil sudah 3 manuskrip siap terbit, satu sudah dapat ISBN, yang 2 masih dalam proses memperoleh ISBN. Buku apa sajakah itu? Yang pertama tentang statistika dengan aplikasi R, yang kedua thesis DosGil (ini yg tertebal), dan yang ketiga adalah buku tentang simulasi penambatan molekul. Buku kedua dan ketiga, jika tidak ada aral melintang setidaknya pada bulan Juni sudah bisa didistribusikan e-booknya, sedangkan buku kesatu akan didistribusikan dalam bentuk cetakan. Ahhh … semoga bermanfaat.

*mencari, memanggil mood untuk menulis buku lagi.

2 Maret 2012 Posted by | New idea ..., Secangkir ... | , , , , | 2 Komentar

Secangkir campuran 50:50 ocha dan coklat serta “jebakan binary dalam media sosial …”

Berdiskusi (istilah agak keren dari ngobrol ngalor ngidul ndak jelas) CahAndong Pusat featuring Tikabanget dari CahAndong cabang Jakarta sempat menyinggung soal susu formula (sufor) vs. ASI. DosGil ditanya, “Bagaimana pendapat DosGil tentang penggunaan sufor karena sang Ibu mengalami kesulitan dalam menyusui? (jiaaahhh serasa wawancara resmi untuk bahan skripsi: Eh Iya, hari ini Sita wisuda setelah pertarungan hampir tak berkesudahan dengan skripsinya. Selamat Sita!). Jawab DosGil,”Kalau menurutku sih, ya ndak papa toh orang memang gak bisa. Idealnya sih memang ASI esklusif. Tapi kalau memang ndak isa piye?”

Baiklah jawaban di atas masih debatable, dan memicu ke alternatif lain selain sufor (misal di-ASI-kan ke ibu lain) yang bisa memicu diskusi baru lagi. Bukan .. bukan, tulisan ini bukan tulisan mendukung sufor. Kata Mama DosGil, DosGil ASI-nya lebih dari 2 tahun dan sejak disapih pun ndak doyan sufor. Entah kenapa, “Ndak doyan sufor” ini juga nurun ke anak DosGil. Padahal anak DosGil hari-hari pertama hadir di dunia terpaksa konsumsi sufor karena kondisi waktu itu. Yang menggelitik DosGil untuk menulis ini adalah lanjutan dari obrolan itu. “Lha, tapi tekanan masyarakat juga lewat media sosial ki sepertinya seorang Ibu kalau memberikan sufor meski karena terpaksa ki jadi seperti kriminal je …” Dueengggg Iya juga sih, itu yang sering DosGil rasa dari mengamati linimasa saat kurang kerjaan, diskusi di blogosfer, mantengin status fb dll.

Diskusi, twitwar, perang komen dan like di fb cenderung mengerucut ke polarisasi pendapat. 0 atau 1. Either … or … Yup, DosGil sekilas muncul hipotesis: Ada fenonema “jebakan binary” dalam media sosial. Apakah ini terkait kultur dunia maya yang memang dibangun dari serpih-serpih digital 1 dan 0? Atau lebih karena sifat dasar manusia yang gampang terpolarisasi? Sebagai contoh: cicak vs. buaya, dee vs. haque, sufor vs. ASI, FPI vs. (apa ya negasi dari FPI?), …, …, dan silakan tambahkan sendiri contoh-contohnya.

Sedikit analisis ngawur DosGil: Media sosial mungkin memang efektif untuk kampanye, pencitraan, baim (bangun imej; mencontek istilah dari mBak Rini) namun sedikit berbahaya karena keterbatasan/kekhasan fitur-fiturnya (misal twitter yang hanya maksimal 140 karakter). Sinergi antara sifat dasar manusia dan kultur digital dunia maya bisa bisa jadi meningkatkan kuantitas dan kualitas “jebakan binary” yang bahkan bisa “menghakimi” seorang Ibu yang sangat menyayangi anaknya dan karena sesuatu hal terpaksa memberikan sufor menjadi seorang “kriminal”.

Bagaimana menghindari “jebakan binary” ini? Bisakah binary yang bersifat nominal diubah menjadi scale? Misal dalam kasus “kriminalisasi” Ibu sufor, dengan mengubah pola pikir menjadi ASI eksklusif adalah kondisi ideal yang ingin kita capai (misal diberi nilai A). So, usaha Bapak-Ibu jabang bayi untuk memenuhinya hingga kondisi ideal ini yang patut disemangati. Mungkin ada yang dapat nilai A, tapi akan banyak yang dapat nilai B dan C serta pasti ada yang dapat nilai D dan E. Alih-alih menghakimi yang dapat B supaya dapat A, DosGil lebih mengusulkan untuk mendampingi yang C, D dan E untuk berusaha meningkatkan “nilai”nya. Andaikan yang dinyatakan lulus hanya yang mendapat nilai A semua dan IPK 4.0 pasti Graha Sabha Praman tidak sepenuh saat ini. Iya kan Sita?

*DosGil, menguap lagi masih ngantuk … setelah semalam bimbingan skripsi sampai hampir pagi.

21 Februari 2012 Posted by | New idea ..., Secangkir ... | , , , , , | 12 Komentar

Secangkir mixed ocha-coklat dan “perjalanan sangat pendek ke barat …”

Yayyyy … blog ini direview di dagdigdug oleh Oom Yahya. *besar kepala

Melanjutkan tulisan minggu lalu di sini, DosGil akhir pekan lalu berkesempatan mengunjungi tanah leluhur (*tsahhh) di Ngulakan, Kulon Progo. Sebuah perjalanan sangat pendek ke Barat. Sepanjang perjalanan, DosGil selalu mendapat konfirmasi dari salah satu kepercayaannya yaitu, “Jogja is the most beautiful city in the world”. Jogja yang dimaksud DosGil dalam hal ini adalah satu entitas Ngayogdjakarta Hadiningrat. Iya, errrr malah terus ndak isa menuliskan dengan kata-kata, silakan check tautan ini dengan tag [pp ke Wates] untuk melihat beberapa foto jepretan perjalanan menuju Wates.

Sesampainya DosGil di tanah leluhur, DosGil semakin terpesona. Dulu ini tempat bermain-main DosGil kalau “berlibur ke desa”. Mencoba menarik memori dan menemukan rumah limasan di tengah kebun yang tumbuh liar beberapa kelapa, beberapa petak kolam, berbagai petak tanaman sayuran dan bumbu, serta sumur yang jernih dan kamar mandi ala desa yang segar. Bagian selatan dibatasi selokan, timur dengan jalan utama (dulu hanya batu krakal), utara dan barat sunga yang sumbernya hanya sepelemparan batu dari tempat itu. Hmmm … masa kecil yang indah, sepertinya. Iya, dulu begitu sampai di sana maka kelapa muda yang segar yang baru saja dipetik dari pohonnya langsung tersedia. Segar sekali rasanya karena dari kota Yogya untuk mencapai tempat itu sangatlah sulit. Entah kapan terakhir kalinya sebelum ini DosGil menginjakkan kaki di tanah seluas 6000an meter persegi itu. Yang pasti saat itu Nenek DosGil yang empunya tempat itu masih ada.

Saat ini, seperti ironi, dengan pembangunan yang cukup pesat, untuk mencapai tempat itu cukup mudah dan nyaman internet pun sudah menjangkau, namun tidak ada lagi limasan, kolam, petak sayur dan bumbu. Hanya tanah ditanami sengon dan jati dan belukar serta kelapa yang menua. Ingin rasanya membangun kembali memori masa kecil dan meninggali tempat itu. Bercocok tanam dan memelihara kambing dan sapi. Let’s see how far DosGil can go for this

*DosGil, bermimpi jadi petani 2.0

15 Februari 2012 Posted by | New idea ..., Secangkir ... | , , | 2 Komentar

Secangkir coklat panas dan “nilai maksimal …”

Hari ini muncul keinginan untuk melanjutkan penelitian lanjutan disertasi dengan melakukan optimasi protokol penapisan virtual yang sudah dikembangkan dalam disertasi ini. Protokol tersebut hanya memperhitungkan satu residu asam amino penting yang sudah dikenali dari studi mutasi beberapa tahun silam. In fact, hasil penelitian DosGil yang dipublikasi di sini bercerita tentang identifikasi dan verifikasi 4 residu asam amino lain yang juga berperan penting dalam interaksi senyawa dengan reseptor histamin H4. So, total ada 5 faktor yang layak dipertimbangkan untuk meningkatkan kualitas protokol yang sudah dikembangkan. Dengan menggunakan pendekatan total factorial design berarti ada 2^5 percobaan dan masing-masing setidaknya 3 kali replikasi. Fiuhhh … Oke, dengan skrip otomatisasi (memakai istilah yang diperkenalkan Kang @sandalian) kita bisa serahkan ke komputer sepenuhnya.



Lha terus respon yang akan kita optimasi apa? Kebiasaan para kimiawan medisinal dalam penapisan virtual adalah nilai EF1%. Jujur, DosGil rada gak suka pemilihan cutoff itu karena hanya sekedar come out of a clear blue sky. Nilai EF1% diharapkan menggambarkan early enrichment, sehingga diharapkan bisa fokus pada 1% selected data dari keseluruhan database. Dengan cutoff pada EF1% tidak menggambarkan korelasi non parametrik antara true positif dengan true positif dan true negatif dengan true negatif. Kenapa gak sekalian EF0.1%? DosGil lebih suka nilai matthews coefficient correlation (MCC) seperti yang digunakan oleh DosGil di penelitian ini dan ternyata juga digunakan peneliti-peneliti lain di dunia penapisan virtual seperti contoh di sini. So, diputuskan tadi sore respon yang kita lihat untuk menilai kualitas penapisan virtual yang diutamakan adalah MCC.


Lha terus kalau dah dapat model yang signifikan dan “valid”, cari nilai optimal/maksimalnya piye? *munyer **munyer^2 Sehingga kita bisa memberi beban yang pas untuk masing-masing residu asam amino. Dan seperti biasa, DosGil berpaling ke program statistika R dan jawabnya ada di sana hore .. menggunakan modul steppest ascent di package rsm. Misal kita pakai data di https://dosengila.wordpress.com/2011/10/24/secangkir-kopi-dan-mengajar-lagi/

> library(rsm)
> yuli2
exp a b c respon
1 1 -1 -1 -1 0.0150
2 1 -1 -1 -1 0.0210
3 a 1 -1 -1 0.0097
4 a 1 -1 -1 0.0124
5 b -1 1 -1 0.0157
6 b -1 1 -1 0.0185
7 ab 1 1 -1 0.0168
8 ab 1 1 -1 0.0166
9 c -1 -1 1 0.0036
10 c -1 -1 1 0.0039
11 ac 1 -1 1 0.0227
12 ac 1 -1 1 0.0252
13 bc -1 1 1 0.0050
14 bc -1 1 1 0.0049
15 abc 1 1 1 0.0507
16 abc 1 1 1 0.0696

> coba_steepest1=rsm(respon~FO(a,b,c,a*b,a*c,b*c,a*b*c), data =yuli2)
> steepest(coba_steepest1)
Linear path of steepest ascent
dist a b c c(“*”, “a”, “b”) c(“*”, “a”, “c”) c(“*”, “b”, “c”) c(“*”, “a * b”, “c”) | yhat
1 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 | 0.019
2 0.5 0.255 0.158 0.112 0.156 0.311 0.123 0.107 | 0.023
3 1.0 0.511 0.316 0.225 0.312 0.621 0.245 0.214 | 0.029
4 1.5 0.766 0.475 0.337 0.468 0.932 0.368 0.320 | 0.035
5 2.0 1.021 0.633 0.450 0.624 1.242 0.490 0.427 | 0.043
6 2.5 1.277 0.791 0.562 0.780 1.553 0.613 0.534 | 0.053
7 3.0 1.532 0.949 0.674 0.936 1.863 0.735 0.641 | 0.064
8 3.5 1.788 1.107 0.787 1.091 2.174 0.858 0.747 | 0.077
9 4.0 2.043 1.265 0.899 1.247 2.484 0.980 0.854 | 0.092
10 4.5 2.298 1.424 1.011 1.403 2.795 1.103 0.961 | 0.109
11 5.0 2.554 1.582 1.124 1.559 3.105 1.225 1.068 | 0.128

Dari hasil di atas dapat dilihat kalau global maksimum ada di nilai respon 0,128 yang didapat saat nilai a = 2,554; b = 1,582 dan c = 1,124. Dah ketemu caranya horeeeee …

*DosGil bisa tidur nyenyak malam ini.

10 Januari 2012 Posted by | New idea ... | , , , , , | Tinggalkan komentar

Secangkir kopi berganda dan “rasi bintang baru 2011” …

DosGil superstitious? DosGil percaya tahayul? Entahlah. Tapi seru kalau mengamati zodiac dan kemudian stereotyping. Nah … dalam benak DosGil terkait munculnya “zodiak” atau rasi bintang baru yang diperkenalkan 2011, Ophiuchus, merupakan momentum yang tepat untuk melakukan analisis retrospektif terhadap berbagai stereotipe personaliti yang diklaim dipengaruhi rasi bintang tertentu. Kenapa? Karena dengan adanya rasi bintang ini ada pergeseran tanggal untuk setiap rasi bintang yang sudah lebih dikenal. Misal: Leo yang sebelumnya dari 23 Juli hingga 23 Agustus menjadi 10 Agustus – 16 September. Hal ini menyebabkan yang lahir 23 Juli – 9 Agustus bukan dibawah naungan rasi bintang Leo, melainkan Cancer. Begitu juga yang lahir 24 Agustus – 15 September, bukan lagi Virgo melainkan Leo.

Berikut rancangan sederhana (dan ngawur) untuk membuktikan korelasi antara rasi bintang dan karakter orang yang lahir di bawah naungannya: Kita ambil pengaruh rasi bintang Leo. Asumsi (hipotesis alternatif): Rasi bintang mempengaruhi karakter orang. Metode: Sample diambil secara acak dan buta (sampel tidak tahu tujuan penelitian): istri/suami/pasangan dari orang yang lahir antara 25 Juli – 10 September. Dibagi dalam 4 kelompok: kelompok I 25 Juli – 5 Agustus, kelompok II 15 Agustus – 20 Agustus, dan kelompok II 1 – 10 september, sisanya dimasukkan dalam kelompok IV “perbatasan”. Kemudian dibuat kuesioner untuk menilai ke-Leo”an pasangan. Nah jika kadar ke”Leo”an kelompok I berbeda (lebih rendah) dibanding kelompok II dan III, sementara kelompok II dan III tidak berbeda, sementara kelompok IV random (eratik atau deviasi kelompok ini sangat besar), maka asumsi diterima. Otherwise, asumsi ditolak.

Nah untuk memulai: DosGil lahir tanggal 6 Agustus. Menurut rasi bintang yang “lama”, karakter DosGil seharusnya Leo: Suka Memimpin, Dermawan Dan Murah Hati, Penuh Gaya, Aristokratik, Congkak, Percaya Diri Tinggi.
Leo adalah anggota kerajaan segala zodiak. Mereka bermartabat tinggi dan sangat dramatis, mereka sangat gagah dan penuh warna, dan suka menjadi pusat perhatian. Mereka bekerja giat di dalam susunan organisasi dan pandai membagi tugas. Rencana mereka jarang terdengar namun selalu menakjubkan. Mereka penuh percaya diri dan terus terang dalam menyatakan apa yang mereka rasakan, namun terkadang mereka mudah sekali marah. Mereka memiliki keberanian dan tidak pernah berbuat curang. Leo mempunyai pembawaan diri yang mengagumkan sehingga menarik perhatian banyak orang. Orang leo sangat terbuka, sulit bagi mereka menyembunyikan perasaan dan diri mereka sendiri. Mereka pandai beradaptasi dan perhatian pada segala hal. Mereka dilahirkan untuk menjadi pemimpin dan akan sangat kecewa bila mereka tidak memiliki kekuasaan untuk mendelegasikan tugasnya. Mereka suka hidup seperti layaknya anggota kerajaan dan bersedia melakukan apa saja yang dibutuhkan untuk mendapatkan gaya hidup yang diinginkannya. Mereka tahu apa yang harus mereka lakukan untuk membujuk orang disekitarnya melakukan apa yang diinginkan. Leo suka melakukan perbuatan yang besar dan terkenal dengan kedermawanannya. Mereka tidak pernah mundur dari suatu pertempuran dan selalu membela hak mereka dan kepercayaan mereka.

… atau Menurut rasi bintang yang “baru”, karakter DosGil seharusnya Cancer: Suasana Hati Tidak Menentu, Sentimentil, Setia, Penuh Perhatian, Sulit Memaafkan, Memiliki Daya Ingat Yang Kuat.
Cancer adalah pribadi yang penuh emosi, sensitif. Selayaknya kepiting mereka sangat protektif dan memiliki pertahanan diri yang tinggi. Mereka takut pada cemoohan, dan akan bekerja dengan diam-diam dibelakang layar untuk mendapatkan apa yang telah mereka rencanakan. Mereka tidak mau mengambil resiko dalam hidupnya dan selalu konsisten membayar hutang mereka. Cancer sangat mendambakan kerapian dan kebersihan. Cancer sangat simpatik terhadap orang lain oleh karena itu sulit mengerti seperti apa sebenarnya pribadi mereka. Mereka cenderung perhatian dan setia bila kamu mulai mengenal Cancer. Mereka berjiwa patriot dan sangat melindungi semua yang mereka sayangi. Mereka sangat membanggakan lingkungan tempat tinggalnya dan senang mengundang teman-temannya berkunjung di rumahnya. Kegemarannya mengumpulkan barang-barang membuat orang menjulukinya gudang tikus. Mereka memiliki ingatan yang luar biasa dan akan selalu mengingatkanmu akan hal-hal yang telah kamu lakukan di masa yang lalu, terutama hal-hal yang ingin kamu lupakan. Para cancer merupakan orang yang penuh kasih, setia dan penuh welas asih. Kebutuhannya untuk mendapatkan rasa aman dan keseimbangan dalam hidup sangat didambakan. Cancer memiliki intuisi yang kuat dan dapat mengetahui pikiran-pikiran dan perasaan yang ada pada orang-orang yang dijumpai. Mereka bisa menjadi sangat agresif jika seseorang menantang mereka, maka dari itu jangan main-main dengan kepiting kecuali kamu siap untuk dicapit oleh mereka.

Nah … bagi yang mengenal DosGil. Cocoknya DosGil itu Leo atau Cancer?

*DosGil pengen makan kepiting goreng.

17 Januari 2011 Posted by | New idea ..., Secangkir ... | 4 Komentar

Secangkir kopi ganda dan “pROC” …

Dua hari ini DosGil ubek cari tool untuk melakukan proper statistic analysis untuk menghakimi kualitas protokol penapisan maya (skrining virtual) yang dikembangkan dengan pendekatan penambatan molekul (molecular docking). Dan akhirnya ketemu juga … paket pROC di R. Hurray …

*ditulis sebagai arsip dan pengingat jika suatu hari nanti diperlukan lagi.

12 Januari 2011 Posted by | New idea ..., Secangkir ... | 2 Komentar

Secangkir dubbel espresso dan temu lawak …

Kemarin baca di twitter Bang @arijuliano, bercerita dan berkomentar tentang “salah kaprah” dalam patent temu lawak. Saya pun jadi gatal ingin komentar.

Hallo … tanaman kan ndak bisa dipatentkan. Yang bisa dipatentkan proses terkait dan senyawa aktif yang ditemukan di dalamnya, proses ekstraksinya dan lain-lain. Dan temu lawak ini sudah diteliti lamaaaaa …. kalau ada yang mematenkan sesuatu dari temu lawak hampir dipastikan akan ada masalah dengan kebaruannya. 😀 Tapi ini kan masalah kreativitas. DosGil sih usul paten formula saja. Eh kenapa harus paten sih … Kalau mau melindungi produk tidak perlu dipatenkan. Dipublikasikan saja sudah membunuh “kebaruan” dari invensi dan jadi ganjalan saat proses legal. Publikasi ilmiah silakan ke jurnal-jurnal ilmiah yang agak ribet prosedur tapi bisa jadi kredit poin untuk naik pangkat bagi dosen maupun peneliti. Kalau mau benar-benar berbagi … silakan bikin blog dan sebarkan penemuan anda.

Kalau sudah punya blog silakan ikut dan hadir di temu lawak akbar #pb2010. 😀 Akan banyak lawakan pasti di acara ini, secara banyak orang dengan kadar kelucuan tinggi akan hadir.

#Merdeka

22 Oktober 2010 Posted by | New idea ..., Secangkir ... | , , | 2 Komentar

Secangkir es teh buah persik dan “repurposing” …

Hari ini DosGil nonton pelem berjudul “Amazing Grace“. Satu quote penting yang mengubah dalam pelem ini adalah “nosus decipio”. Artinya? Silakan digoogle. 😀 Kata itu mengubah cara perjuangan yang radikal menjadi cara yang “cerdas”.

Dua minggu silam DosGil menghadiri serangkaian kuliah dan presentasi poster di sebuah kota kecil bernama Lunteren. Ada satu ide cerdas macam wangsit yang menyambar: “Computational-aided drug repurposing” yang disampaikan oleh Tudor Oprea. Dalam sejarah manusia untuk menemukan “magic bullet” untuk membunuh penyakit, doktrinnya adalah selektif dan spesifik. Sementara efek samping obat yang merupakan pertanda tidak adanya obat yang selektif dan spesifik adalah keniscayaan. So, ketika viagra sedang berusaha dihadirkan kembali dalam nama revatio untuk tugas lain, dan juga aspirin hadir sebagai aspilet, bisa jadi obat-obat dari penyakit-penyakit yang belum “ada” obatnya sudah berada di pasar tinggal menunggu untuk di”repurpose”.

~DosGil berpikir untuk berubah fungsi, “nosus decipio”. Eh ..

16 Oktober 2010 Posted by | New idea ..., Secangkir ... | | 2 Komentar

Segelas air putih dan aplikasi gratis pemodelan molekul …

Pemodelan molekul atau kimia komputasi semakin dimanjakan oleh hadirnya aplikasi-aplikasi gratis yang reliable. Dari hasil diskusi bincang-bincang DosGil dengan Radif lewat Ym! sementara anak-anak CA pada berpesta di @pbjogja hmmppfff diketahui bahwa untuk pemodelan molekul atau kimia komputasi sudah tersedia aplikasi-aplikasi gratis yang jika dikumpulkan sudah cukup melingkupi (hampir) semua jenis penelitian terkait pemodelan molekul. Baiklah yang dimaksud di sini bukan sekedar daftar aplikasi gratis melainkan aplikasi-aplikasi gratis yang sudah pernah dipakai oleh DosGil atau Radif. DosGil biasa menggunakan ChemAxon untuk menggambar struktur molekul kecil, konversi tipe file, konversi 2D ke 3D, protonasi/deprotonasi, hingga tautomer/conformer search. Untuk preparasi struktur protein, YASARA view memberikan bantuannya. Untuk skrining virtual berbasis struktur dengan docking menjadi tulang punggung, PLANTS jadi pilihan. Sementara untuk visualisasi DosGil memilih PyMOL sementara Radif memilih menggunakan VMD. Perbedaan preferensi ini akibat dari kebutuhan Radif yang menggunakan VMD dengan NAMD untuk studi dinamika molekul (MD; molecular dynamics). Sepertinya sudah semua … Oh belum. Untuk penelitian pemodelan molekul yang melibatkan statistik dan data mining, e.g. QSAR (quantitative structure-activity relationships; hubungan kuantitatif struktur-aktivitas), DosGil menggabungkan Weka dan R.

Satu lagi sebelum mengakhiri postingan ini. Ada psi3 yang potensial untuk dijadikan substitusi dari Gaussian dalam perhitungan ab-initio. Kenapa potensial? Yup, karena both DosGil dan Radif belum menjajal. Namun aplikasi ini ada di repo-nya Ubuntu. Dan dari mempelajari manualnya, sepertinya doable. Satu aplikasi untuk perhitingan ab initio yang gratis adalah GAMESS tapi hingga saat ini baik DosGil maupun Radif masih belum sukses melakukan instalasi. 😀

Jadi … alat sudah tersedia. Mari berkarya …

Merdeka!
Enade

10 Oktober 2010 Posted by | New idea ... | , , , | 9 Komentar

Secangkir aloe vera dingin dan “uji klinik” …

Hari ini adalah hari pertama dari simposium tiga hari yang diselenggarakan oleh RSC, di MSD, Oss, Belanda. Hari pertama sudah selesai, dan boleh dikata acara ini menarik dibanding acara-acara serupa yang pernah diikuti oleh DosGil. Semua pembicara berasal dari perusahaan farmasi, baik besar atau kecil, juga perusahaan spin off (perusahaan farmasi yang diinisiasi oleh akademisi dengan mengkomersialkan hasil penelitian). Dari latar belakang komersial tersebut sangat terasa atmosfer “discovery” dan “corporate culture”. Dua hal tersebut yang mungkin menyebabkan simposium kali ini menarik.

Pembicara pertama, Ad Ijzerman, menghentak dengan sejarah kimia medisinal dengan sebuah cerita lucu tentang uji klinis yang pertama kali dilakukan dan mengulas dalam dan tajam structure-based drug discovery (Okelah mari kita coba Indonesiakan: Penemuan Obat berbasis Struktur … hmmm). Kisah tentang the very first uji klinik sepertinya cukup menarik untuk diceritakan di sini. :D, sementara yang lainnya bisa diulas atau dibahas kali lain (kalau ingat).

Uji klinik (clinical trial) yang pertama kali, menurut Ad (menurut link ini beda), dilakukan atas perintah King Gustav III of Sweden. Saat itu (1800an), kopi (mungkin import dari Belanda yang didapat dari Indonesia) dianggap racun dan berasal dari setan. King Gustav III memerintahkan untuk menguji kopi ini pada sepasang kembar identik terpidana mati. Seorang “dipaksa” minum 3 cangkir kopi per hari, sementara yang satu lagi 3 cangkir teh sehari, dengan “end point”: mati. Dua orang dokter kerajaan diperintahkan untuk mengamati perkembangan/penurunan kesehatan 2 orang ini dan harus segera melaporkan ke King Gustav III jika “end point” sudah tercapai. Hasil uji klinik ini adalah: Para terpidana mati tersebut meninggal pada usia 83 tahun, sementara dokter yang mengawasi meninggal jauh-jauh hari sebelum itu secara alami. 😀 Sementara King Gustav III meninggal terlebih dulu karena dibunuh pada sebuah pesta topeng.

Oh ya … hari Jum’at minggu lalu DosGil yang lagi membosan melakukan rutinitas narsis dengan meng-goggle nama sendiri, nama belakang. Setelah kegiatan narsis sebelumnya meng-goggle nama sendiri di “everything” dan sempat jengkel karena menemukan beberapa tulisan dikopi verbatim bahkan tanpa mencantumkan penulisnya, kerjaan narsis kali ini diarahkan ke google scholar. Surprisingly, menemukan publikasi DosGil di Majalah Farmasi Indonesia disitasi di sebuah artikel yang dipublikasikan di Bioorganic Medicinal Chemistry. Jurnal dengan impact factor (2009) 2.882 dan merupakan the 3rd most cited in medicinal chemistry. Yang cukup membuat DosGil besar kepala adalah yang disitasi metode sintesis yang DosGil pernah lakukan. Bagi DosGil ini menarik karena dulu senyawa itu disintesis dengan tujuan narsis dan sudah lebih dari 5 tahun DosGil tidak melakukan “eksperimen basah”, termasuk sintesis. 😀 Nama scaffold senyawa yang disintesis adalah enadion, sebelas duabelas dengan nama pertama DosGil. He..he..he..

~Dosgil mengutip RoTI FreSh, “Berbagi tak pernah rugi”.

20 September 2010 Posted by | New idea ..., Secangkir ... | , | 2 Komentar