Laan van Kronenburg

dan perdjoeangan masih panjang

Segelas air putih dan aplikasi gratis pemodelan molekul …

Pemodelan molekul atau kimia komputasi semakin dimanjakan oleh hadirnya aplikasi-aplikasi gratis yang reliable. Dari hasil diskusi bincang-bincang DosGil dengan Radif lewat Ym! sementara anak-anak CA pada berpesta di @pbjogja hmmppfff diketahui bahwa untuk pemodelan molekul atau kimia komputasi sudah tersedia aplikasi-aplikasi gratis yang jika dikumpulkan sudah cukup melingkupi (hampir) semua jenis penelitian terkait pemodelan molekul. Baiklah yang dimaksud di sini bukan sekedar daftar aplikasi gratis melainkan aplikasi-aplikasi gratis yang sudah pernah dipakai oleh DosGil atau Radif. DosGil biasa menggunakan ChemAxon untuk menggambar struktur molekul kecil, konversi tipe file, konversi 2D ke 3D, protonasi/deprotonasi, hingga tautomer/conformer search. Untuk preparasi struktur protein, YASARA view memberikan bantuannya. Untuk skrining virtual berbasis struktur dengan docking menjadi tulang punggung, PLANTS jadi pilihan. Sementara untuk visualisasi DosGil memilih PyMOL sementara Radif memilih menggunakan VMD. Perbedaan preferensi ini akibat dari kebutuhan Radif yang menggunakan VMD dengan NAMD untuk studi dinamika molekul (MD; molecular dynamics). Sepertinya sudah semua … Oh belum. Untuk penelitian pemodelan molekul yang melibatkan statistik dan data mining, e.g. QSAR (quantitative structure-activity relationships; hubungan kuantitatif struktur-aktivitas), DosGil menggabungkan Weka dan R.

Satu lagi sebelum mengakhiri postingan ini. Ada psi3 yang potensial untuk dijadikan substitusi dari Gaussian dalam perhitungan ab-initio. Kenapa potensial? Yup, karena both DosGil dan Radif belum menjajal. Namun aplikasi ini ada di repo-nya Ubuntu. Dan dari mempelajari manualnya, sepertinya doable. Satu aplikasi untuk perhitingan ab initio yang gratis adalah GAMESS tapi hingga saat ini baik DosGil maupun Radif masih belum sukses melakukan instalasi. 😀

Jadi … alat sudah tersedia. Mari berkarya …

Merdeka!
Enade

Iklan

10 Oktober 2010 - Posted by | New idea ... | , , ,

9 Komentar »

  1. jadi kangen kimia molekuler…

    Komentar oleh christin | 10 Oktober 2010 | Balas

    • Lha mbok iya. Ayo bergabung ngerusuh di komunitas molecular modeling … 😀

      Komentar oleh Enade | 10 Oktober 2010 | Balas

  2. maaf, mau tanya untuk mendapatkan program kimia medisinal komputasi yang dibilang tadi, bisa saya dapatkan dimana ya?
    atau untuk bergabung di group nya gmn ya?

    Komentar oleh fita | 11 November 2010 | Balas

    • Silakan di-klik di nama-nama program yang disebutkan di tulisan tersebut. Good luck!

      Komentar oleh DosGil | 11 November 2010 | Balas

      • terimakasih atas infonya…..
        mau tanya lagi, klo pemakaian program hypercam untuk kimia medisinal,ada petunjuk manualnya g?

        Komentar oleh fita | 1 Desember 2010

  3. @Fita: Apakah yang dimaksud HyperChem? Saya sudah lama tidak menggunakan HyperChem jadi tidak tahu fitur-fitur baru dan manual yang tersedia. “Pemakaian program HyperChem untuk Kimia Medisinal” sangat luas cakupannya. Mengapa? HyperChem adalah program kimia komputasi dengan berbagai fitur. Kimia Medisinal adalah disiplin ilmu yang didedikasikan untuk menemukan obat baru. Yang pernah saya (tahun 2003) lakukan adalah menggunakan HyperChem untuk menghitung muatan parsial analog kurkumin untuk dikorelasikan dengan IC50 GST (QSAR). Bisakah pertanyaannya lebih spesifik? Thanks sudah mampir.

    Komentar oleh DosGil | 1 Desember 2010 | Balas

  4. maaf bpk dosen, mau tanya ada tidak kalau aplikasi gratis untuk modeling sequence DNA, mohon bantuanya maksih. dan salam kenal… ^^

    Komentar oleh Tulus | 2 April 2011 | Balas

    • Salam kenal. Maaf saya kurang mendalami modeling DNA. Silakan ke http://en.bio-soft.net/dna.html <= Banyak sekali aplikasi modeling gratis mungkin ada yg dibutuhkan.

      Komentar oleh Enade | 2 April 2011 | Balas

  5. ok, maksh pak…

    Komentar oleh Tulus | 4 April 2011 | Balas


Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s

%d blogger menyukai ini: