Laan van Kronenburg

dan perdjoeangan masih panjang

Secangkir kapucino dan sebuah puisi lagi …

Akhirnya urusan lisensi bisa diselesaikan Bos dengan sempat adu argumen dulu … Dan puisi terakhir untuk protokol Induced-Fit Docking ini pun bisa disusun dan [Mode= Dora] … berhasil … berhasil .. berhasil …HORE! [/Mode]

multi_IFD-IFP.sh
#!/bin/sh

if [[ $# == 1 ]]
then
ref_IFP=$1
mkdir IFD-IFP_results
cd IFD-IFP_results
cp ../*.mol2 .
cp ../$ref_IFP .
ls ligand_*.mol2 > file.lst
sed ‘s/ligand_//g’ file.lst | sed ‘s/.mol2//g’> files.lst
list=files.lst
DIR=`cat $list`
for enade in $DIR; do
echo ligand_$enade.mol2 > pose_$enade.lst
~/share/FingerPrintLib/bin/LBMFP -R $ref_IFP -B -L pose_$enade.lst -C pocket_$enade.mol2 > $enade.ifp
compound_name=`grep “TITLE” ../$enade.mae.pdb | awk ‘{print $2}’`
pose_bits=`grep -A2 “Title:” $enade.ifp | awk ‘{if (NR==3) print $0}’`
pose_Tc=`grep -A2 “Similarity binding Tanimoto” $enade.ifp | awk ‘{if (NR==3) print $2}’`
echo “$compound_name $file_name $pose_Tc $pose_bits” >> results_ifp.txt
rm ligand_$enade.mol2
rm pocket_$enade.mol2
rm pose_$enade.lst
done
cd ..
else
echo “Usage: ./multi_IFD-IFP.sh “;
fi

Iklan

4 Desember 2009 - Posted by | Secangkir ... | ,

2 Komentar »

  1. Puisi yang membuat aku gila pak dos, rak mudeng babarblas heheh, tapi aku seneng ama blognya sampeyan, kita tukeran link yuk mas, aku tunggu kunjungan baliknya ya, makasih..

    Komentar oleh gambang semarang | 10 Desember 2009 | Balas

    • Terima kasih atas kunjungannya. Kunjungan balik sudah dilaksanakan 🙂

      Komentar oleh Enade | 12 Desember 2009 | Balas


Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s

%d blogger menyukai ini: