Laan van Kronenburg

dan perdjoeangan masih panjang

Secangkir air putih dan puisi hari ini …

Sebenarnya mau menulis tentang hari AIDS dikaitkan dengan berita di kompas.com yang berubah judul di malam hari ini, namun tidak jadi karena harus merampungkan puisi hari ini supaya besok bisa ambil day off. Day off? Iyah … menghabiskan jatah cuti tahunan

Dan ufff … akhirnya kelar juga .. 3 puisi di hari ini … dan masih ada satu puisi yang belum selesai karena lisensi expired … (lol)

mae-pdb_output.sh
#!/bin/sh
export MYAPP=~/shared/apps/schrodinger/utilities/pdbconvert
if [ $1 = “enade” ]
then
sed ‘s/,/ /g’ report.csv | awk ‘{print $5}’ | grep -Ev ‘File’ > files.lst
mkdir result-temp
cd result-temp
cp ../*-out_pv-*.mae .
mv ../files.lst .
pdblist=files.lst
DIR=`cat $pdblist`
for enade in $DIR; do
$MYAPP -imae $enade -opdb $enade.pdb
cp $enade.pdb ../
done
cd ..
rm -R result-temp
else
echo “Convert mae to pdb from IFD output”
echo “Usage: ./mae-pdb_output.sh enade”
fi

pdbmol2_ligand.sh
#!/bin/sh
export MYAPP=/usr/local/moe-2008.10/bin/moebatch
if [ $1 = “enade” ]
then
mkdir result-temp
cd result-temp
cp ../*.mae.pdb .
ls *.mae.pdb > file.lst
sed ‘s/.mae.pdb//g’ file.lst > files.lst
pdblist=files.lst
DIR=`cat $pdblist`
for enade in $DIR; do
grep “UNK” $enade.mae.pdb > ligand_$enade
cp ligand_$enade temp.pdb
$MYAPP -script ~/scripts/pdbmol2.svl
rm temp.pdb
mv temp.mol2 ligand_$enade.mol2
cp ligand_$enade.mol2 ../
done
cd ..
rm -R result-temp
else
echo “Convert the ligand from pdb to mol2”
echo “Usage: ./pdbmol2_ligand.sh enade”
fi

pdbmol2_pocket_2.sh
#!/bin/sh
export MYAPP=/usr/local/moe-2008.10/bin/moebatch
if [ $1 = “enade” ]
then
mkdir result-temp
cd result-temp
cp ../*.mae.pdb .
ls *.mae.pdb > file.lst
sed ‘s/.mae.pdb//g’ file.lst > files.lst
pdblist=files.lst
DIR=`cat $pdblist`
for enade in $DIR; do
grep “A 328 \|A 329 \|A 332 \|A 333 \|A 336 \|A 337 \|A 340 \|A 456 \|A 460 ” $enade.mae.pdb > pocket_$enade
cp pocket_$enade temp.pdb
$MYAPP -script ~/scripts/pdbmol2.svl
rm temp.pdb
mv temp.mol2 pocket_$enade.mol2
cp pocket_$enade.mol2 ../
done
cd ..
rm -R result-temp
else
echo “Convert the pocket from pdb to mol2”
echo “Usage: ./pdbmol2_pocket.sh enade”
fi

~DosGil lapar betul sekarang…

Iklan

2 Desember 2009 - Posted by | Secangkir ... | ,

3 Komentar »

  1. iku puisi opo, to?

    Komentar oleh goop | 3 Desember 2009 | Balas

    • Puisi-puisi untuk konversi file untuk menjadikan output suatu aplikasi bisa dipakai sebagai input di aplikasi yang lain. Heran … itu perusahaan perangkat lunak senang sekali menemukan ekstensi baru (pentung-pentung) …

      Komentar oleh DosenGila | 3 Desember 2009 | Balas

  2. code is poetry~ :mrgreen:

    Komentar oleh gunawanrudy | 4 Desember 2009 | Balas


Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s

%d blogger menyukai ini: